Die desinfizierende Kraft des Ozons und seine Wirksamkeit gegen Bakterien und Keime ist auf seine chemische Struktur zurückzuführen. Durch die gemeinsame Nutzung der Elektronen zwischen drei statt zwei Atomen ist das Molekül sehr instabil und neigt dazu, Elektronen von nahegelegenen Verbindungen aufzunehmen um so seine Stabilität wiederzuerlangen. Es ist also ein sehr starkes Oxidationsmittel. Es fängt Elektronen von anderen Molekülen ein, oxidiert und destabilisiert diese bis zum Punkt der Zerstörung.
In geringen Konzentrationen ist es für Säugetiere nicht schädlich, für Mikroorganismen ist es jedoch tödlich.
Es sei darauf hingewiesen, dass Ozon keine Rückstände erzeugt, da es sich um ein instabiles Partikel handelt, das dazu neigt, zu seiner ursprünglichen Form, dem Sauerstoff (O2), zurückzukehren. So respektiert es die Umwelt und das Wohlbefinden der Menschen ist gewährleistet.
Ozon desinfiziert auf die gleiche Weise wie Chlor, es haftet an Bakterien an und oxidiert sie von der Zellwand bis zum Zellkern, bis sie vollständig vernichtet sind. Es hinterlässt, anders als Bleichmittel, keine toxischen Rückstände und ist 300-mal effizienter.