El poder desinfectante de ozono y su efectividad frente a las bacterias y gérmenes se debe a su propia estructura química. Al compartir los electrones entre tres átomos en lugar de entre dos, la molécula resultante es muy inestable, y tiende a captar electrones de cualquier compuesto próximo para recuperar su estabilidad; es decir, es un oxidante muy fuerte. Al captar electrones de otras moléculas, oxidándolas, las desestabiliza hasta el punto de destruirlas.
No es dañino para mamíferos bajas concentraciones, pero es letal para los microorganismos.
Hay que destacar que el ozono, además, no produce ningún residual, ya que al ser una partícula inestable tiende a volver a su forma original, el oxígeno (O2), siendo, por tanto, respetuoso con el medio ambiente y los productos, y garantizando el bienestar de las personas.
El ozono desinfecta de la misma forma que el cloro, se adhiere a las bacterias y las oxida desde la pared celular hasta el núcleo destruyéndolas por completo, solo que no deja residuos tóxicos y es 300 veces más eficiente.